শেখ মুজিব আওয়ামী মুসলিম লীগের যুগ্ম সাধারণ সম্পাদক নির্বাচিত হবার প্রায় একমাস পর অর্থাৎ ১৯৪৯ সালের জুলাইয়ের শেষ সপ্তাহে জেলখানা থেকে মুক্তি লাভ করেন। জেলখানা থেকে বের হয়েই তিনি ভাষা আন্দোলনসহ পূর্ব বাংলার স্বায়ত্তশাসনের দাবিতে আন্দোলনে শরীক হন। ২৯ জুলাই তিনি নারায়ণগঞ্জে এক সাংগঠনিক সফরে যান এবং সেখানে ছাত্রলীগের প্রকাশ্য সম্মেলনে প্রধান অতিথি হিসেবে এক জ্বালাময়ী বক্তৃতা দেন। প্রায় দেড় ঘণ্টাব্যাপী এই গুরুত্বপূর্ণ বক্তৃতায় তিনি ছাত্রলীগের ১০ দফার অন্যতম দাবি বাংলাকে পাকিস্তানের অন্যতম রাষ্ট্রভাষা ও পাকিস্তানের নৌবাহিনীর সদর দপ্তর করাচি থেকে চট্টগ্রামে স্থানান্তরের দাবি জানান।
এছাড়া ১৯৪৮-৫০ সালে পূর্ব বাংলায় খাদ্য সংকটের ফলে যে দুর্ভিক্ষ দেখা দেয় তাতে প্রায় ২০ হাজার লোক গ্রাণ হারায়। এই দুর্ভিক্ষর প্রতিবাদে শেখ মুজিব আন্দোলন গড়ে তোলেন। তৎকালীন পাকিস্তানের প্রধানমন্ত্রী লিয়াকত আলী খান ১৯৪৯ সালের অক্টোবরে ঢাকা সফরে আসেন এবং ওঠেন ‘বর্ধমান হাউসে।’ ঢাকায় প্রধানমন্ত্রীর উপস্থিতিতে শেখ মুজিব বিক্ষোভ কর্মসূচী জোরদার করেন এবং আরমানিটোলা ময়দানে এক বিশাল জনসভায় তিনি সরকারের তীব্র সমালোচনা করেন। উক্ত জনসভায় দুর্ভিক্ষের প্রসঙ্গ উল্লেখ করে তিনি বলেন, “একজন অন্যজনকে খুন করলে তার ফাঁসি হয়। যে নুরুল আমীন শত শত লোক খুন করেছে তার কি হওয়া উচিত? তাকে এই মাঠের মধ্যে এনে গুলি করা উচিত। উক্ত জনসভায় তিনি পূর্ববঙ্গীয় প্রাদেশিক আইন সভা ভেঙ্গে দিয়ে সার্বজনীন ভোটাধিকারের নতুন নির্বাচনের দাবি জানান। জনসভা শেষে প্রায় ৫০ হাজার লোকের এক বিশাল মিছিল নিয়ে মুজিব বর্ধমান হাউসের দিকে অগ্রসর হলে নবাবপুর রেলক্রসিং এ পুলিশ মিছিলে বাধা প্রদান ও লাঠি চার্জ করে। মিছিল থেকে মওলানা ভাসানী ও শামসুল হককে গ্রেফতার করা হয়। প্রেফতারের পূর্বে মওলানা ভাসানী আন্দোলন চালিয়ে যাবার জন্য শেখ মুজিবকে সরে যেতে বলেন। শেখ মুজিব খুব কৌশলে মিছিল থেকে সরে পড়েন এবং পরবর্তীতে আত্মগোপন অবস্থায় সারা বাংলায় জেলা ও মহকুমা পর্যায়ের সরকারী দপ্তরগুলোতে খাদ্যের দাবিতে স্মারকলিপি প্রদান ও বিক্ষোভ কর্মসূচী জোরদার করেন। কিন্তু আবারও তিনি মুসলিম লীগ সরকারের কোপানলে পড়েন এবং ১৯৫০ সালে ১ জানুয়ারি গ্রেফতার হন।
মওলানা ভাসানীসহ অন্যান্য নেতৃবৃন্দকে ১৯৫০ সালের জুন মাস নাগাদ মুক্তি দেয়া হলেও সরকার শেখ মুজিবকে জেলখানার অন্ধ প্রকোষ্ঠে আটকে রাখে। কারণ শেখ মুজিবের সাহসী ও উদীয়মান বলিষ্ঠ নেতৃত্ব ছিল তখন প্রাদেশিক সরকারের বড় আতঙ্ক। শেখ মুজিব মুক্তিলাভ করেন ১৯৫২ সালের ২৬ ফেব্রুয়ারি। কিন্তু এই দীর্ঘ সময় তিনি জেলখানায় আটক থাকলেও একেবারে বসে থাকেননি। ভাষা আন্দোলনসহ সরকার বিরোধী অন্যান্য আন্দোলনে তিনি গুরুত্বপূর্ণ পরামর্শ ও দিক নির্দেশনা প্রদান করেন।
